В экономическом отношении эти войны вызывали большие опустошения. Крайнее истощение королевской казны превзошло всякую меру, и у Генриха III во второй половине 80-х годов нехватало денег даже на мелкие расходы личного характера. Налоговый гнет был доведен до предела, и пресловутая талья собиралась во все возрастающих размерах. В 1576—1588 гг. она увеличилась с 7,2 до 18 млн. ливров. Тем не менее бюджет французского королевства оставался дефицитным, а государственный долг Франции достиг к началу 90-х гг. огромной суммы в 300 млн. ливров. Промышленность и торговля были парализованы грабежами, общей политической анархией и преследованиями гугенотов. Городское население обнищало. В Амьене, например, 6000 человек собирало милостыню. Преследование же гугенотов вызвало массовую эмиграцию их за пределы Франции. Уже в начале религиозных войн 15 000 гугенотов эмигрировало в Германию и Эльзас, а после ужасов Варфоломеевской ночи 6000 кальвинистов бежало в одну только Англию. Между тем как раз среди гугенотов имелось много квалифицированных мастеров и богатых предпринимателей. Поэтому в таком промышленном центре Франции, каким был Тур, резко сократилось число самостоятельных хозяев и исчезли подмастерья. Городское население разбегалось.
Но города все же находились под защитой своих стен, и многочисленное, политически организованное население могло оказывать сопротивление грабителям. Между тем деревенская Франция была лишена даже этих во можностей и пострадала еще больше городов, становясь повседневной добычей всякого рода мародеров. Войска противников одинаковым образом добывали себе продовольствие и военное снаряжение путем реквизиций и обыкновенных грабежей. Дворяне часто, по свидетельству современников, участвовали в этих грабежах, чтобы поживиться за счет крестьян. Обычно при этом пожары довершали разорение деревни. Кроме того, в условиях политической анархии и полной безнаказанности дворяне обременяли крестьян всякого рода повинностями и платежами, используя как поземельную зависимость, так и экономическую нужду цензитариев. Часто население целых деревень исчезало, разбегаясь по лесам или уходя за границу. Французские короли теряли своих подданных.
Запустение Франции приняло настолько широкие масштабы, что уже в 1565 г. венецианский посол констатировал повсеместное распространение нищеты и деморализации населения. Позднее положение стало еще более тяжелым. Особой остроты экономические бедствия достигли в начале 1590-х гг. Поэтому Генрих IV, оказавшись у власти, вынужден был заявить в 1595 г., что даже смерть для Франции менее ужасна, чем продолжение ее страданий.