Весьма серьезные мероприятия были проведены Кольбером для облегчения внутренней торговли Франции. Внутренние пошлины и в XVII в. крайне затрудняли ее; так, южные и восточные провинции были обособлены от остальных областей страны в таможенном отношении. Многочисленными были местные пошлины; например, при перевозке вина со швейцарской границы в Париж их приходилось платить 16 раз. На реках Франции и в XVII в. сохранилось большое количество таможенных застав, причем на одной лишь Луаре от Орлеана до Нанта их насчитывалось 28. Поэтому в 1661 г. Кольбер предпринял специальное расследование правовых оснований для сбора частных пошлин, и в 1662 г. многие из них были уничтожены. Вместе с тем Кольбер увеличил таможенные округа и свел их к 5 большим фермам, унифицировав тарифы. Само собой разумеется, что эти реформы в области таможенного законодательства значительно облегчали развитие промышленности и торговли Франции.
Кольбер защищал с помощью централизованной государственности французскую промышленность от иностранной конкуренции, особенно голландской и английской. Его торговая политика носила ярко выраженный протекционистский характер. Это обнаружилось уже при выработке первого тарифа пограничных пошлин на иностранные товары, относящегося к 1664 г. Но через три года Кольбер опубликовал (в 1667 г.) еще более суровый протекционистский тариф, удвоив пошлины на английское и голландское сукно (с 40 ливров до 80 на одну штуку сукна), увеличив в два раза сборы с галантерейных товаров (кружева, тесьма) и т. д. Эти протекционистские мероприятия Кольбера вызвали переполох в Европе. Голландия, против которой они были прежде всего направлены, ответила запретом ввоза французских товаров. Только после двух крупных войн с Голландией и ее союзниками (Англией, Швецией, Бранденбургом, Австрией и Испанией) французское правительство отказалось в 1678 г. по Нимвегенскому миру от тарифов 1667 г. и вернулось к тарифам 1664 г.